La EBY ha hecho una apuesta fundamental por la educación de los jóvenes en el Departamento de Misiones ofreciendo por primera vez la posibilidad del acceso a la educación superior a jóvenes de escasos recursos de este departamento a través del Programa de Becas de la EBY, que fue implementado en el año 2009, con un aporte inicial de G. 500.0000.000 (Quinientos millones de guaraníes).
La selección de los becarios se realiza a través de un Equipo Técnico compuesto por representantes designados por la Entidad Binacional Yacyretá y los representantes designados por la Gobernación de Misiones. Para dicha selección se cuenta con una ficha socio-económica que es completada en las visitas que realizan los técnicos designados a cada postulante a las becas en sus respectivos hogares. Esta evaluación socio-económica ayuda a seleccionar a los jóvenes de menor recurso socio-económico, considerando que el presupuesto asignado para el programa de becas no alcanza para satisfacer la totalidad de la demanda existente en el Departamento de Misiones.
Cabe destacar que todos los becarios deben tener como mínimo 4 (cuatro) como promedio académico ó 3,5 si estuvieren ya cursando una carrera universitaria, pero el factor determinante para acceder al beneficio de la beca constituye el nivel socio-económico de los becarios, que se determina a través de la evaluación socio-económica.
La Entidad Binacional Yacyretá seguirá apostando a la educación de los jóvenes del Departamento de Misiones, sin exclusión o privilegio alguno, procurando responder a las necesidades de los jóvenes de escasos recursos económicos, respetando los criterios de selección establecidos para dicho fin dentro del Programa de Becas.