En etapa final se encuentran los trabajos de remodelación y ampliación del Cuartel General de la Armada Nacional, en la ciudad de Encarnación, departamento de Itapúa, obra encarada por la Entidad Binacional Yacyretá con una inversión de G. 16 mil millones.
Las tareas de intervención se realizan en el predio adyacente al recinto actual, en la cabecera del puente internacional San Roque González de Santacruz, en el marco de un convenio particular entre la Armada Paraguaya y Yacyretá.
El proyecto incluye, la remodelación del sector existente con la incorporación de nuevas infraestructuras comopabellones para el personal militar, atracadero para lanchas, un helipuerto, oficinas administrativas, camarotes, salón auditorio, equipos de monitoreo, garajes, provisión de mobiliarios y electrodomésticos, equipamiento informático, etc. 
También se construyeron obras exteriores como los caminos y accesos, patio de formación, un polideportivo abierto y el mejoramiento del sistema eléctrico, entre otras mejoras.
El fiscalizador de la obra Ing. Gustavo Báez, del área de Obras y Proyectos de Yacyretá, explicó que las tareas incluyen toda la comodidad necesaria para el funcionamiento del Cuartel general de la Armada paraguaya.
“Los trabajos también incluyeron una adecuación de la edificación que se encuentra en la parte posterior de la obra, se construyó una cocina, comedor, además una estación de expendio de combustible, vestuarios y cantina, piscina social, readecuación del quincho existente del lugar y los servicios básicos que la obra en sí requiere, como instalaciones eléctricas, instalación de un transformador y generador, agua corriente, un tanque de 5 mil litros, entre otros” explicó el fiscalizador.
Los trabajos están a cargo de la empresa Aponte Latorre S.A, según concurso de precio N°537, contrato 727/13, y estarían culminando los primeros días del mes de marzo del año en curso.
El convenio firmado, también supone la relocalización y mejoramiento de varios Destacamentos y Bases Navales de la Armada Paraguaya en Itapúa y Misiones.
Asimismo, en Encarnación la EBY construyó una nueva Base Naval, en reposición a la afectada en la desaparecida zona baja, que está ubicada en la margen izquierda de la desembocadura del arroyo Mboi Kaé, en la zona de la costanera de la ciudad.