Fundado de manera casual, mediante la construcción de la Represa Hidroeléctrica Yacyretá, esto para salvaguardar el patrimonio cultural de la región, como memoria que enlaza la sugerencia de que las grandes obras realizadas por el hombre, no se repiten; se continúan.

Se inició en el año 1.984, poco tiempo después que la Entidad Binacional Yacyretá dispusiera el inicio de las obras civiles de la Represa. Se concibe en sus inicios como una tarea de rescate del patrimonio cultural en el área comprometida con la Hidroeléctrica.

Respetando el carácter amplio y comprensivo de las funciones del Museo, el mismo está articulado en diferentes tareas entre las que se mencionan: colecta de piezas, estudios técnicos para identificación y clasificación de muestras conservadas para exposición y para reserva científica, programas de educación masiva y difusión ambiental en toda la región de influencia, para el cambio de actitud en cuanto a comportamiento conservacionista de la población.

La colección del Museo incluye los elementos que guardan relación con la vida y la historia del pueblo, pretende ser el espejo de los estudios y trabajos realizados por la Entidad Binacional Yacyretá en materia ecológica y antropológica.