La Entidad Binacional Yacyretá (EBY), asegura que antes de la elevación del embalse a cota 83 metros sobre el nivel del mar, pondrá en funcionamiento todo el sistema de alcantarillado sanitario con que ya dispone la ciudad de Encarnación, evitando el vertido en crudo en los cauces hídricos, para evitar definitivamente las probabilidades de contaminación de las aguas del sub embalse.

 
Para ese efecto, actualmente se aceleran los trabajos para la culminación de las estaciones de bombeo, que servirán para impulsar los desechos cloacales hasta la planta de tratamiento de efluentes que ya está en funcionamiento desde diciembre del 2009 y actualmente opera a un poco más del 50 % de su capacidad.
 
La construcción de 7 estaciones de bombeo restantes, actualmente se hallan avanzadas, según describió el ingeniero Víctor Ántola, Gerente del Plan de Terminación de Yacyretá (EBY), quien manifestó que las empresas constructoras aseguran que la culminación de las mismas están previstas para fines del presente mes. 

Antes del recrecimiento del embalse del río a cota de diseño, de 83 msnm (metros sobre el nivel del mar) las 41 plantas de bombeo ubicadas en toda la zona urbana de la ciudad y zona sur (barrios Pacu Cuá y San Roque) estarán en operación. 

Con la puesta en funcionamiento de estos equipos electromecánicos se evitará que el vertido de los efluentes cloacales se realice en los cauces hídricos, el río y los sub embalse de la ciudad que involucran a arroyos que circundan a Encarnación. 

Esta medida mejorará ostensiblemente la calidad del agua que rodeará a la ciudad de Encarnación, hecho que hoy con cota 82,40 msnm ya se puede observar y medir positivamente, ya que el sub embalse tiene un mayor cantidad de agua, y minimiza el volumen de elementos contaminantes.

De este modo, la binacional asegura que el embalse del río a cota de diseño de la central hidroeléctrica, no significará daño alguno al medio ambiente de la zona, y si constituirá positivamente en la generación de mayor energía que favorecerá acciones sociales y de protección ambiental para toda su área de influencia.