Las áreas protegidas bajo el dominio de la Entidad Binacional Yacyretá (EBY) cuentan con una gran diversidad de especies de flora nativa, en donde se conservan comunidades naturales de la región, como el Arary (Callophyllum brasiliense), especie considerada patrimonio cultural y ecológico del país, cuya mayor reserva se encuentra en la Isla Yacyretá.

En la zona también se observan poblaciones de Yvyra oví (Helietta apiculata), Yvyraro (Pterogyne nitens), Guajayvi( Patagonula americana) ,Tajy hú (Tabebuía heptaphllya), Pakurí (Rheedia brasiliensis ,Manduvira Paraná (Samanea saman) ; que en conjunto conforman el dosel del bosque.

Otras comunidades importantes son los Esteros caracterizados por una vegetación asociada a aguas lenticas; Pastizal en suelo saturado desarrollado sobre suelo más arenoso, Sabana de Butia es el establecimiento de una población más pura de Butia paraguayensis (Yatai).

La conservación, protección, reproducción y concienciación sobre la importancia de estas especies se realiza a través de los Programas de Reservas y Biodiversidad, Vivero Forestal y Educación Ambiental del Sector Medio Ambiente de la EBY.