El templo tiene la forma de un barco, que a su vez alude a la devoción a María que se inició con los antiguos navegantes. El sitio posee además un caminero denominado “El Camino del Peregrino”. La infraestructura fue una reposición funcional de la Entidad Binacional Yacyretá (EBY), anteriormente fue una pequeña capilla apostada cerca del caudaloso río Paraná.
El enrocado tiene una sobre elevación que se llama albardón, que cumple una doble función; en primer lugar proteger contra el oleaje y segundo sirve como una muralla natural para que las personas no se acerquen a la costa, ya que bordea totalmente al santuario.
Además, la Iglesia Diocesana de la Ciudad de Encarnación fue beneficiada con la construcción de una vivienda para la residencia de sacerdotes, con toda la infraestructura, equipamientos y comodidades, en adyacencias del Santuario Mariano.
La parte edilicia requirió la inversión de unos 877 millones de guaraníes y fue posible mediante el convenio de cooperación interinstitucional firmado entre la Yacyretá y la Diócesis de Encarnación, encabezada por monseñor Claudio Silvero y una comisión formada para el efecto.
La residencia posee cuatro habitaciones para sacerdotes, una cocina, una sala, una oficina, y estacionamiento, totalmente equipados para la comodidad de los moradores y fue inaugurado en diciembre del año 2011.
El Santuario está ubicado a 12 kilómetros de la ciudad de Encarnación, en un área de tres hectáreas. El lugar ofrece además árboles frondosos que dan sombra a los peregrinantes, y área para camping.
La fecha en que se celebra la llegada de la Virgen de Itacuá es el 8 de diciembre (coincidiendo con la Inmaculada Concepción de María, al igual que otras encarnaciones de la misma como ser la Virgen de Caacupé en Paraguay o la Virgen de Guadalupe en México), llegando a convocar a miles de feligreses para el comienzo de la solemne misa que se celebra en el Santuario.