Las plantas macrófitas, que forman las islas o camalotes, son empujadas y agrupadas por medio de una lancha, siendo luego retiradas de la superficie desde canoas o desde la orilla, a lo largo de la defensa costera. Para evitar la contaminación del agua, solo se emplean medios manuales o mecánicos, sin apelar a agroquímicos, que permitirían una erradicación más rápida, aunque con consecuencias negativas para la salud.
Las muestras tomadas en los cursos de agua mencionados, son analizadas en el laboratorio que la Entidad posee en Ayolas, y en forma independiente, en el laboratorio de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales de la Universidad Nacional de Asunción, habiéndose confirmado esta tendencia.
El ingeniero Estigarribia atribuye la mejoría a dos factores: la puesta en funcionamiento de la planta de tratamiento de efluentes y la red de alcantarillado sanitario, lo cual evita que gran parte de los efluentes cloacales lleguen al río o alcancen las napas subterráneas, y en segundo lugar, el recrecimiento de la cota, que ha posibilitado que un gran volumen de agua procedente del Paraná llegue hasta las cuencas de los arroyos, permitiendo una renovación del agua de los mismos.