Con el objetivo general de fomentar la piscicultura en la zona de influencia de Yacyretá como una alternativa válida de producción y fuente de trabajo en las comunidades de Itapúa y Misiones, la Entidad Binacional realiza la reproducción artificial de alevines de especies nativas del rio Paraná y exóticas dentro del Programa Fauna Íctica del Sector Medio Ambiente.

La Entidad Binacional Yacyretá cuenta con dos estaciones de piscicultura para la obtención artificial de alevines: una ubicada en el distrito de San Cosme y Damián, departamento de Itapúa asentada en un predio de 6 has y uno de los mayores y modernos centros de producción y un laboratorio con capacidad de 5.000.000 de alevines/año y la Estación de Piscicultura de Ayolas, donde se realiza la reproducción de especies exóticas, especialmente la tilapia.

En la Estación de Piscicultura de San Cosme y Damián se trabaja con las especies: pacú, boga, sábalo y ñurundiá o bagre de arroyo y se logró la reproducción en forma experimental de surubí y dorado.

Los alevines son criados en los estanques hasta que lleguen a un tamaño adecuado (5 a 10 cm) para que sean sembrados en los cuerpos de agua naturales o sean entregados a personas que desean realizar piscicultura, previa capacitación en las mismas.

La Estación de Piscicultura de San Cosme y Damián trabaja igualmente en la profundización de conocimientos sobre la reproducción inducida de las especies autóctonas del río Paraná, mantener un plantel adecuado de peces reproductores adaptados al cautiverio y probar diferentes tipos de producción (estanques, tanques de redes, alto flujo, etc.) con las diversas especies de modo a ser un centro de referencia de informaciones para los interesados en realizar la cría de peces en cautiverio.

La reproducción de alevines se complementa con otras actividades como el monitoreo de la Fauna Íctica del río Paraná para el estudio de la composición de la ictiofauna en la zona de influencia de la represa de Yacyretá y la instalación de la carrera de Ingeniería Acuícola mediante un convenio con la Universidad Nacional de Pilar.

La carrera fue habilitada en julio de 2011 y funciona en su local propio dentro del predio de la estación de piscicultura de la EBY en Ayolas. Tiene una duración de 5 años y los gastos de la carrera son absorbidos totalmente por Yacyretá. Cursan el tercer  año de la carrera 40 alumnos  y el segundo  año 30 alumnos provenientes de los departamentos de Misiones, Ñeembucú, Itapúa.